Современное лечебно-профилактическое учреждение, особенно хирургического профиля, невозможно представить без эпидемиологической службы. В СОКОД такая служба создана в 2003 году.

Задачи эпидемиологической службы:
• эпидемиологическая диагностика путей, факторов передачи и условий, способствующих внутрибольничному распространению инфекций, оценка риска инфицирования пациентов и медицинского персонала в СОКОД;
• разработка и организация проведения профилактических и противоэпидемических мер, направленных на снижение заболеваемости внутрибольничными инфекциями (ВБИ), летальности и экономического ущерба;
• оценка эпидемиологической и экономической эффективности профилактических и противоэпидемических мер.