Его основная задача - организация мероприятий по повышению качества оказания медицинской помощи пациентам диспансера и их учет. В структуре отдела работает госпитальный раковый регистр, который обеспечивает персонифицированный учет больных, пролеченных в стационарных отделениях онкологического центра. База данных госпитального ракового регистра содержит информацию о 78 тыс. больных, пролеченных в стационарах ГБУЗ СОКОД с 2003 года. В отделе формируется официальная общая государственная отчетность по ГБУЗ СОКОД (ф-17, ф-30, ф-14, ф14дс, ф-16, ф-62). Результаты анализа статистических данных являются основанием для проведения различных организационных мероприятий, направленных на повышение качества медицинской помощи пациентам ГБУЗ СОКОД.

Отдел противораковой борьбы и онкологической статистики с популяционным раковым регистром и организационно-методический отдел с госпитальным раковым регистром находятся в постоянном взаимодействии, а между их базами данных осуществляется регулярный информационный обмен. Кроме того, в популяционный раковый регистр регулярно поступает информация из раковых регистров гг. Тольятти и Сызрани, работающих самостоятельно. Такой порядок информационного взаимодействия онкологической службы Самарской области обеспечивает работу единого областного ракового регистра Самарской области.