В составе операционного блока имеются 19 операционных. Операционные залы разделены в соответствии с основными профильными хирургическими отделениями: онкологическое отделение (опухолей молочной железы) № 1, онкогинекологии, онкоурологии, нейрохирургии, абдоминальной онкологии, колопроктологии, опухолей головы и шеи, торакальной онкологии, отделения кратковременного пребывания пациентов.

Оснащение операционных залов отвечает самым современным требованиям по проведению оперативных вмешательств пациентам с онкологической патологией и снабжены автономной системой подачи ламинарного потока стерильного воздуха в зону операционного стола, селекторной связью с основными профильными отделениями. Нейрохирургическая операционная оборудована системой нейронавигации и связью с базой данных отделения КТ и МРТ. В 7 операционных залах для видеохирургических вмешательств работает система централизованной подачи углекислого газа. Для доставки биоматериала в патологоанатомическую лабораторию используется специальная пневмопочта. Инструменты и перевязочный материал на стерилизацию в центральное стерилизационное отделение доставляются на специальных лифтах.