Отделение развернуто на 30 коек. Отделение оказывает специализированную хирургическую помощь пациентам со злокачественными и доброкачественными заболеваниями.

Хирургами отделения выполняется весь комплекс высокотехнологичных хирургических операций по лечению заболеваний верхних отделов пищеварительного тракта, органов брюшной полости и забрюшинного пространства, включая комбинированные и расширенные вмешательства. Выполняются хирургические вмешательства при раке желудка, в том числе комбинированные и расширенные гастрэктомии, с лимфодиссекцией D2 и D3; гастропанкреатодуоденальные резекции, дистальные резекции поджелудочной железы, в том числе комбинированные и расширенные, с включением пластических и реконструктивных вмешательств на магистральных артериях и венах; анатомические и атипичные резекции печени, сегментэктомии, гемигепатэктомии, в том числе расширенные и комбинированные. Для лечения первичных и метастатических опухолей печени используется малоинвазивный и относительно безопасный метод радиочастотной абляции (РЧА) и СВЧ-абляции; операции при злокачественных опухолях брюшной полости и забрюшинного пространства.

В отделении оперируют 2 доктора медицинских наук, 1 кандидат медицинских наук. Сотрудники отделения являются членами Ассоциации онкологов России, регионального экспертного совета по гепатоцеллюлярному раку, Российской и международной ассоциации гепатопанкреатобилиарных хирургов, Европейской ассоциации эндокринологов, преподавателями кафедры онкологии ГБОУ ВПО СамГМУ Минздрава РФ. Все врачи отделения имеют высшую или первую квалификационную категорию по онкологии.

Лечение пациентов основано на доказательной медицине и проходит в полном соответствии с мировыми стандартами оказания помощи онкологическим больным и клиническим рекомендациям Ассоциации онкологов России.

В отделении ведется научная работа. По результатам работы подготовлена кандидатская диссертация. Получено 4 патента на изобретения, которые внедрены в практику.

Абдоминальное отделение является базой кафедры онкологии ГБОУ ВПО СамГМУ Минздрава РФ, в отделении проходят обучение студенты, интерны, клинические ординаторы.

В отделении ведется консультативный прием пациентов.